欧盟有机认证标准包括了如何检验和生产有机产品的明确的规定，广受世界各国的信赖，但是有些东西的有机性也是欧盟有机标准不能保证的。

很多人错误的认为，盖有欧盟有机认证标准的印章就可以保证产品不含有害物质。但是事实不是这样的，盖有欧盟有机质量印章的产品即便是按照欧盟有机标准指导方针生产的，也不能保证其不含有有害物质。

欧盟有机认证标准只规定了在生产过程中，对产品质量没有直接影响的元素。对于在生产过程中经由其他途径对原材料产生威胁的有害物质，并没有明确规定。

这些有害物可能来自不纯净的地下水，空气中的有害物质(在机场，飞机进场航路，工业区或者有大量车辆行驶的公路附近)，或者通过不纯净的饲料产生。

依照欧盟生态环保组织理念其生产监控更重视过程的管理，即对生产流程中的手续和程序有所规定，而成品的质量相对而言并非其重点。

这就是为什么在已有欧盟有机认证标准的有机产品中也可能出现污染物、霉菌毒素和农药残留的原因，即使它们与一般产品相比出现的机率较低。